Если вы только начинаете, смело берите привычный инструмент. Microsoft Word, Google Docs, Яндекс Документы или LibreOffice Writer подойдут для написания и базовой структуры.
Если для публикации нужен EPUB, FB2 или MOBI, готовый файл придется конвертировать. После этого обязательно проверьте результат: при конвертации могут съехать абзацы, заголовки, изображения и другие элементы оформления.